Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej

Pełny zestaw mutacji DNA, które są odpowiedzialne za patogenezę ostrej białaczki szpikowej (AML), nie jest jeszcze znany. Metody
Wykorzystaliśmy masowo równoległe sekwencjonowanie DNA w celu uzyskania bardzo wysokiego poziomu pokrycia (około 98%) pierwotnego, cytogenetycznie prawidłowego genomu de novo dla AML z minimalnym dojrzewaniem (AML-M1) i dopasowanym genomem prawidłowej skóry.
Wyniki
Zidentyfikowaliśmy 12 nabytych (somatycznych) mutacji w obrębie sekwencji kodujących genów i 52 punktowe mutacje somatyczne w konserwatywnych lub regulacyjnych częściach genomu. Wszystkie mutacje okazały się heterozygotyczne i obecne w prawie wszystkich komórkach w próbce nowotworu. Cztery z 64 mutacji wystąpiły w co najmniej dodatkowej próbce AML w 188 testowanych próbkach. Mutacje w NRAS i NPM1 zidentyfikowano wcześniej u pacjentów z AML, ale nie zidentyfikowano dwóch innych mutacji. Jedna z tych mutacji w genie IDH1 była obecna w 15 z 187 dodatkowych genomów AML i była silnie związana z prawidłowym stanem cytogenetycznym; był obecny w 13 z 80 cytogenetycznie prawidłowych próbek (16%). Drugą była mutacja niegenogenna w regionie genomowym z potencjałem regulacyjnym i ochroną u wyższych ssaków; wykryliśmy to w jednym dodatkowym guzie AML. Genom AML, który zsekwencjonowaliśmy, zawiera około 750 punktowych mutacji, z których tylko niewielka część może mieć znaczenie dla patogenezy.
Wnioski
Porównując sekwencje guza z genomem skóry pacjenta z AML-M1, zidentyfikowaliśmy powtarzające się mutacje, które mogą mieć znaczenie dla patogenezy.
Wprowadzenie
Ostra białaczka szpikowa (AML) jest klonalną chorobą krwiotwórczą spowodowaną zarówno dziedzicznymi, jak i nabytymi zmianami genetycznymi.1-3 Obecna klasyfikacja AML i systemy prognostyczne zawierają informacje genetyczne, ale są ograniczone do znanych nieprawidłowości, które zostały wcześniej zidentyfikowane przy użyciu cytogenetyki, macierzy porównawcza hybrydyzacja genomowa (CGH), profilowanie ekspresji genów i ponowne sekwencjonowanie genów kandydujących (patrz Glosariusz).
Kariotypowanie komórek AML pozostaje najsilniejszym wskaźnikiem predykcyjnym wyników u pacjentów z AML i jest rutynowo stosowane przez klinicystów.5. Jako dodatek do badań cytogenetycznych, małe podcytogenetyczne amplifikacje i delecje można identyfikować przy użyciu metod genomowych, takich jak: jako macierz pojedynczego nukleotydu-polimorfizmu (SNP) i macierzowe platformy CGH (patrz Glosariusz). Jednak techniki te pozostają badaniami, a badania 6-9 sugerują, że istnieje niewiele nawracających nabytych zmian liczby kopii w każdym genomie AML. Profilowanie ekspresji genów zidentyfikowało pacjentów ze znanymi zmianami chromosomalnymi i mutacjami genetycznymi oraz podgrupami pacjentów z prawidłowymi profilami cytogenetycznymi, którzy mają zmienne wyniki kliniczne10,11. Profilowanie ekspresji dało jednogenowe predyktory wyniku, które są obecnie oceniane pod kątem zastosowania klinicznego. 12-16 Badania resekwencjonowania genu-kandydata również zidentyfikowali powtarzające się mutacje w kilku genach – na przykład geny kodujące kinazę tyrozynową 3 związaną z FMS (FLT3) i nukleofosminy (NPM1) – które mogą pomóc w stratyfikacji pacjentów o prawidłowych profilach cytogenetycznych zgodnie z ryzyko i identyfikacja pacjentów do terapii celowanej (np. ze zmutowanym FLT3) .3,12,17 Jednak zmienione systemy klasyfikacji są niedoskonałe, co sugeruje, że ważne czynniki genetyczne dla patogenezy AML pozostają do odkrycia.
Wcześniej opisywaliśmy sekwencję całego genomu AML od pacjenta, który miał AML z minimalnym dojrzewaniem (AML-M1) i prawidłowym profilem cytogenetycznym.18 Tutaj opisujemy sekwencję genomu innego takiego nowotworu i powtarzające się mutacje w dodatkowych nowotworach AML.
Metody
Szczegóły dotyczące metod produkcji biblioteki, sekwencjonowania DNA za pomocą Illumina Genome Analyzer II, 19 oceny pokrycia sekwencji, identyfikacji wariantów sekwencji, walidacji wariantów i określenia częstości występowania wariantów w nowotworze indeksowym AML oraz badania dodatkowych próbek AML są podane w Dodatku Uzupełniającym, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie
[przypisy: Kabiny Sanitarne, młyny kulowe, hologramy els ]
[podobne: rezonans magnetyczny gdynia, leczenie w czechach na nfz, proteza szkieletowa bezklamrowa ]

Powiązane tematy z artykułem: leczenie w czechach na nfz proteza szkieletowa bezklamrowa rezonans magnetyczny gdynia