Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej czesc 4

Częstość alleli w DNA guza, DNA komplementarny dla nowotworu i DNA skóry. Panel A pokazuje procent wariantów alleli, które wykryto w DNA nowotworu, DNA uzupełniającym nowotwór (cDNA) i DNA skóry dla 10 zwalidowanych niesynonimowych mutacji somatycznych poziomu u pacjenta z indeksem. Dla porównania pokazano warianty częstości alleli dla sześciu znanych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP). Pacjent był homozygotyczny dla sekwencji referencyjnej dla dwóch pierwszych wariantów, heterozygotycznej dla dwóch kolejnych wariantów i homozygotycznej dla rzadkiego SNP dla dwóch ostatnich wariantów. Panel B pokazuje warianty alleli wariantów dla wszystkich zwalidowanych mutacji poziomu i poziomu 2 oraz sześciu kontrolnych SNP dla DNA nowotworu i DNA skóry. Każdą z 10-punktowych mutacji amplifikowano z próbek nowotworu i skóry za pomocą PCR, a gatunki DNA niosące wariantowy allel badano przez sekwencjonowanie produktów PCR z użyciem platformy Illumina. Cały eksperyment był replikowany ze zamplifikowanym genomowym DNA, z doskonałą zgodnością dla wszystkich próbek (Figura 3 w Dodatkowym dodatku). Warianty allelowe wariantów dwóch insercji określono przez sekwencjonowanie produktów PCR zawierających te mutacje. Przedstawienie wszystkich oprócz dwóch mutacji – w otwartej ramce odczytu chromosomu 19 (C19orf62), niezannotowanym genie o nieznanej funkcji i CEP170 – wynosiło około 50%, co sugeruje, że wszystkie mutacje były heterozygotyczne i obecne w prawie wszystkich komórkach w próbce guza (Figura 2A). Dziesięć z 12 genów na poziomie miało zestawy sond w macierzy Affymetrix U133 Plus 2.0, a 9 z 10 było wykrywalnie wyrażanych (Tabela 1). Badano również ekspresję 10 niesynonimicznych zmutowanych alleli za pomocą PCR z odwrotną transkryptazą, z wykorzystaniem amplikonów zaprojektowanych do splatania intronów, a następnie sekwencjonowania i zliczania zsekwencjonowanych produktów PCR. Osiem zmutowanych alleli zostało wykrytych przy częstotliwościach od 35 do 85%. Jednak w przypadku dwóch mutacji (w FREM2 i IMPG2) nie wykryliśmy komplementarnego DNA niosącego wariantowy allel (chociaż łatwo wykryliśmy allel typu dzikiego), mimo że każdy wariant występował w około 50% DNA nowotworu.
Poszczególne zasady, które zostały zmutowane, były wysoce konserwatywne dla 10 z 12 wariantów, a wszystkie oprócz znaleziono w wysoce konserwatywnych regionach genomu. Algorytm Nietolerancyjny z tolerancją (SIFT) (który ocenia prawdopodobny wpływ mutacji genowych na funkcję białka) przewidywał, że mutacje w NRAS, IDH1, IMPG2 i ANKRD26 były szkodliwe.25 Mutacja w miejscu splicingu na końcu 3 intron 4 w C19orf62 powodował pominięcie eksonu 5 (dane nie pokazane).
Następnie genotypowaliśmy mutacje poziomu w 187 dodatkowych próbkach od pacjentów z AML, których charakterystykę kliniczną opisano wcześniej26 (Tabela 2 w dodatkowym dodatku). Wcześniej wykazano, że mutacja NPMc jest obecna w 43 ze 180 próbek (23,9%), a mutacje NRAS aktywujące były obecne w 17 z 182 próbek (9,3%). 26 Obserwowaliśmy mutacje w IDH1, które, jak się spodziewano, powodują substytucję reszta argininy w pozycji 132, w 16 z 188 próbek: R132C w 8 próbkach, R132H w 7 próbkach i R132S w próbce (tabela 2 w dodatkowym dodatku)
[hasła pokrewne: voluson, ceftriakson, kotwy do drzwi ]
[przypisy: suszona mięta, cena testosteronu, fsh cena badania ]

Powiązane tematy z artykułem: cena testosteronu fsh cena badania suszona mięta