Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej cd

Maq oznacza mapowanie i złożenie z jakością, polimorfizm pojedynczego nukleotydu SNP i wariant pojedynczego nukleotydu SNV. Podsumowanie różnic sekwencji między genomem nowotworu pacjenta a Narodowym Centrum Informacji o Biotechnologii 36 genomu referencyjnego pokazano na Rysunku (patrz Glosariusz) .20 Zidentyfikowaliśmy 3 872 936 SNV w genomie nowotworu, z czego 3 464 449 rygorystyczny filtr wywoływania. Spośród tych SNV w genomie skóry wykryto 3 377 680 (97,5%), co wskazuje, że były to odziedziczone warianty. Spośród 86 769 potencjalnie nowych syste- mów SNV w szóstym roku, 66 513 zostało opisanych wcześniej.
Oddzieliliśmy pozostałe 20 256 SNV na cztery poziomy, które zostały szczegółowo opisane w dodatkowym dodatku. W skrócie, poziom zawiera wszystkie zmiany w regionach kodujących aminokwasy adnotowanych eksonów, konsensusowych miejsc składania splicingowych i genów RNA (w tym genów mikroRNA). Poziom 2 zawiera zmiany w wysoce konserwatywnych regionach genomu lub regionach, które mają potencjał regulacyjny. Poziom 3 zawiera mutacje w nieodpornej części genomu, która nie spełnia kryteriów poziomu 2, a poziom 4 zawiera mutacje w pozostałej części genomu. Wstępnie zidentyfikowaliśmy 113 potencjalnych mutacji poziomu 1, 749 potencjalnych mutacji poziomu 2, 3188 potencjalnych mutacji poziomu 3 i 16206 potencjalnych mutacji poziomu 4. Dla każdego z 113 przypuszczalnych wariantów poziomu zamplifikowano region genomowy zawierający mutację zarówno z guza, jak i skóry, stosując test reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) i przeprowadzono sekwencjonowanie Sangera. Spośród 101 wariantów, które zostały wywołane z niską pewnością (algorytm wywoływania jest podsumowany w Dodatku Dodatkowym), żaden z nich nie został zatwierdzony. Spośród wariantów o wysokim stopniu ufności 10 z 12 zostało zwalidowanych jako mutacje somatyczne. Podobnie, przetestowaliśmy 178 wywołań o niskim poziomie zaufania dla poziomu 2, a tylko jeden został sprawdzony. W przeciwieństwie do tego, zatwierdzono 51 z 104 połączeń o wysokim poziomie zaufania 2. Nie przeprowadziliśmy badań walidacyjnych wariantów w warstwach 3 i 4.
Szukaliśmy również somatycznych wstawień i delecji (indeli) przy użyciu algorytmu opisanego w Dodatku Uzupełniającym. Zidentyfikowaliśmy 142 potencjalne indele somatyczne (28 usunięć i 114 wstawień). Spośród tych wariantów, 119 nieudanych walidacji (tj. Były one fałszywie pozytywne) w sekwencjonowaniu Sangera odpowiednich produktów PCR, 21 zostało zwalidowanych, ale było obecnych zarówno w guzie jak i skórze, a 2 zostało zwalidowanych jako mutacje somatyczne. Jednym z nich była insercja o długości 4 pz w eksonie 12 genu NPM1 powiązana z nieprawidłową cytoplazmatyczną ekspresją nukleofosminy (NPMc). Ta insercja tworzy mutację przesunięcia ramki odczytu i skrócone białko, o którym wiadomo, że ma zmienioną lokalizację komórkową, jak opisano powyżej.21 Drugą mutacją była wstawka o długości 3 pz w genie kodującym białko centrosomalne 170 kDa (CEP170) przy aminokwasie 177, przewidziana do powodują dodanie pozostałości leucyny w tej pozycji.
Mutacje poziomu
Tabela 2. Tabela 2. Mutacje poziomu 1. Geny z mutacjami poziomu i konsekwencje tych mutacji podsumowano w Tabeli 2 oraz w Tabeli w Dodatku Uzupełniającym. Zarówno insercja NPMc, jak i mutacja NRAS zostały opisane wcześniej w genomach AML i wiadomo, że są istotne dla patogenezy.3. Mutacje w IDH1 (kodujące dehydrogenazę izocytanową 1), które według przewidywań wpływają na resztę argininy w pozycji 132, są znalezione w złośliwych glejakach, ale nie zostały zgłoszone u pacjentów z AML i są rzadkie w innych typach nowotworów.22-24 Warianty z dziewięciu innych genów poziomu omówiono w Dodatku Uzupełniającym.
Rysunek 2
[patrz też: nicorix, amyloza, Kabiny Sanitarne ]
[patrz też: unerwienie serca, zapalenie tętnicy skroniowej, lpg endermologia ]

Powiązane tematy z artykułem: lpg endermologia unerwienie serca zapalenie tętnicy skroniowej