Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad

Wszystkie wysokiej jakości warianty pojedynczych nukleotydów (SNV), które znaleziono w próbkach nowotworu i skóry od tego pacjenta, są dostępne w bazie danych genotypów i fenotypów (dbGaP) w Narodowym Centrum Informacji o Biotechnologii (numer dostępu, phs000159.v1. p1). Wyniki
Opis przypadku
Wcześniej zdrowy 38-letni mężczyzna o europejskim pochodzeniu miał zmęczenie i kaszel. Liczba białych krwinek wynosiła 39 800 komórek na milimetr sześcienny, przy 97% wybuchach; poziom hemoglobiny wynosił 8,9 g na decylitr, a liczba płytek krwi wynosiła 35 000 na milimetr sześcienny. Badanie szpiku kostnego wykazało 90-procentową komórkowość i 86% dodatnich blaszek mieloperoksydazy (Figura w dodatkowym dodatku). Rutynowa analiza cytogenetyczna próbek szpiku kostnego wykazała prawidłowy kariotyp 46, XY. Nie było rodzinnej historii białaczki. Matka chorego otrzymała diagnozę raka piersi w wieku 60 lat i chłoniaka nieziarniczego w wieku 63 lat; jej przyrodnia siostra otrzymała diagnozę raka piersi w wieku 50 lat.
Próbki szpiku kostnego pacjenta i skóry zostały zabezpieczone przed sekwencjonowaniem całego genomu zgodnie z protokołem zatwierdzonym przez instytutowy zespół kontrolny na Washington University. Pacjent wyraził pisemną świadomą zgodę.
Pacjent był leczony początkowo 7-dniowym cyklem wlewu cytarabiny i 3-dniowym cyklem daunorubicyny. W ciągu 5 tygodni miał całkowitą remisję morfologiczną i odzyskanie liczby białych krwinek i płytek krwi. Następnie pacjent otrzymał terapię konsolidacyjną z czterema cyklami wysokodawkowej cytarabiny bez dalszego leczenia przeciwbiałaczkowego. Pozostał w pełnej remisji 3 lata później.
Charakterystyka genomu nowotworu
Próbki DNA z próbki szpiku kostnego pacjenta w momencie pierwszej prezentacji oraz normalna próbka skóry z biopsji uzyskanej po chorobie pacjenta poddawano remisji i genotypowano przy użyciu macierzy SNP 6,0 Affymetrix Genome-Wide Human. Genom nowotworowy nie miał wykrywalnych zmian liczby kopii somatycznych ani regionów częściowej disomii uniparentalnej (Słownik i Rysunek 2 w Dodatku Uzupełniającym). RNA, który został wyprowadzony z tej samej próbki szpiku kostnego, analizowano przy użyciu zestawu Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0, który ujawnił sygnaturę ekspresji podobną do wielu innych cytogenetycznie prawidłowych próbek szpiku od pacjentów z AML-M1 (Figura 2). w Dodatku Uzupełniającym).
Sekwencja pokrycia i potencjalne mutacje
Tabela 1. Tabela 1. Pokrycie sekwencji genomu nowotworu i skóry. Sekwencjonowaliśmy 69,9 miliardów par zasad (23,3 × pokrycia haploidalnego) z bibliotek DNA, które wygenerowaliśmy z próbki guza i 63,9 miliardów par zasad z bibliotek, które wygenerowaliśmy z próbki skóry normalnej (21,3 × pokrycie haploidalne) (Słownik i Tabela 1). Korzystając z macierzy SNP Affymetrix 6.0, potwierdziliśmy wykrycie obu alleli z 98,5% z około 45 000 wysokiej jakości heterozygotycznych SNP w próbce nowotworu i 97,4% z około 45 000 heterozygotycznych SNP o wysokiej jakości w próbce skóry.
Rysunek 1. Rysunek 1. Schemat przepływu dla identyfikacji mutacji punktu somatycznego w genomie ostrej białaczki szpikowej
[hasła pokrewne: poznań psychiatra, psycholog dziecięcy Warszawa, Rezonans Warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: poznań psychiatra psycholog dziecięcy Warszawa Rezonans Warszawa