Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 6

Dzięki ulepszonym technikom sekwencjonowania, pokraliśmy ten genom bardziej kompletnie niż pierwszy zsekwencjonowaliśmy (98% vs. 91% diploidalnego pokrycia) i użyliśmy mniej sekwencji sekwencjonowania (16,5 vs. 98), co skutkowało dramatycznie zmniejszonym kosztem generowania danych. Dzięki lepszej jakości danych i algorytmom wywoływania, zredukowaliśmy 96% fałszywie dodatnich częstotliwości możliwych mutacji dla pierwszego zsekwencjonowanego genomu AML do częstotliwości 47% mutacji poziomu i 2 o wysokim poziomie ufności nazywanych w tym genomie. Przewidzieliśmy 1458 punktowych mutacji punktowych z wysoką pewnością; przetestowaliśmy 116 z nich z sekwencjonowaniem walidacyjnym i potwierdziliśmy ich 61 (53%). Zatem ten genom może zawierać około 750 somatycznych mutacji punktowych. Wykryliśmy mutacje w NRAS, NPMc i IDH1 oraz mutację poziomu 2 na chromosomie 10 w więcej niż jednym genomie AML, co sugeruje, że mutacje te nie są przypadkowe i są prawdopodobnie ważne dla patogenezy tego nowotworu. Sugerujemy, że 12 niesynonimicznych mutacji najprawdopodobniej ma znaczenie dla patogenezy, ponieważ mogą one potencjalnie zmienić funkcję eksprymowanych genów. Zgodnie z tą ideą i wynikami naszego poprzedniego badania18, stwierdzono, że wszystkie te mutacje zostały zachowane w dominującym klonie. Co zaskakujące, odkryliśmy, że praktycznie wszystkie 52 mutacje 2 poziomu były również obecne w niemal każdej komórce nowotworowej w próbce, co sugeruje, że są one również częścią tego samego dominującego klonu. Jednakże nie można stwierdzić, że te mutacje (lub którekolwiek z mutacji poziomu 3 lub 4) są istotne dla patogenezy tylko dlatego, że znajdują się w wysokiej częstotliwości w dominującym klonie. Bardziej prawdopodobne jest, że większość z tych mutacji jest przypadkowa, łagodne zmiany sekwencji, które istniały w komórce hematopoetycznej, która została przekształcona (tj. Były preegzystujące i przenoszone jako łagodni pasażerowie , nieistotne dla patogenezy). Stwierdzenie, że procent mutacji stwierdzonych w każdej warstwie ściśle zbliża się do całkowitej ilości DNA testowanego na tym poziomie, potwierdza tę hipotezę. Łącznie dane te sugerują, że ogromna większość mutacji, które wykryliśmy w tym genomie, to przypadkowe mutacje tła w hematopoetycznej komórce macierzystej, która została przekształcona27. Aby dowieść, które mutacje są naprawdę ważne, konieczne będzie przeprowadzenie walidacji funkcjonalnej.
Najlepszym testem znaczenia poszczególnych mutacji dla patogenezy (przy braku walidacji funkcjonalnej) jest nawrót w innych próbkach AML lub innych nowotworach. Spośród 12 mutacji poziomu 1, 3 (występujące w NPM1, NRAS i IDH1) były nawracające u pacjentów z AML i dlatego prawdopodobnie były ważne w patogenezie tego nowotworu. Mutacje R132 w genie IDH1 nie były wcześniej wykrywane u 45 pacjentów z AML, którzy byli testowani23 i byli rzadko wykrywani w typach nowotworów innych niż złośliwe glejaki.22,24. Mutacje IDH1 R132H, C i S dramatycznie zmniejszają aktywność katalityczną enzymu IDH1; zasugerowano, że IDH1 jest supresorem guza, który jest inaktywowany przez dominujące mutacje w R132.28. Istnieją jednak znaczne różnice między mutacjami IDH1 stwierdzonymi w glejakach i mutacjami w AML. Wykryliśmy mutację R132C u 8 z 16 pacjentów z AML, którzy nosili mutację IDH1 (50%)
[podobne: blachodachówka gontopodobna, Fitolizyna, psychiatra poznań ]
[przypisy: neurolog na nfz warszawa, poradnia leczenia uzależnień warszawa, usg tarczycy katowice ]

Powiązane tematy z artykułem: neurolog na nfz warszawa poradnia leczenia uzależnień warszawa usg tarczycy katowice