Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 5

Pozostałe dziewięć mutacji nie wykryto w 187 dodatkowych próbkach. Nie wykryliśmy mutacji R172 w IDH2 w 188 próbkach (próba od pacjenta wskaźnikowego i 187 dodatkowych próbek), ani nie zaobserwowaliśmy dodatkowych mutacji w żadnym z eksonów IDH1 lub CDC42. Niesynonimiczna nabyta mutacja (C328Y) została znaleziona w mitochondrialnym genie ND4, który koduje podjednostkę 4 dehydrogenazy NADH, część kompleksu łańcucha transportu elektronów. Dwa z 93 dodatkowych próbek AML również zawierały niesynonimowe mutacje w tym genie, ale znaczenie tych mutacji nie jest jeszcze jasne (Tabela 5 oraz sekcja Wyniki i dyskusja w dodatkowym dodatku).
Mutacje poziomu 2
Potwierdziliśmy 52 mutacje w segmentach DNA poziomu 2, z których każdy zawiera z 52 mutacji, amplifikowano PCR z guza i próbek skóry i zsekwencjonowano w celu określenia proporcji cząsteczek DNA niosących mutację (Figura 2B i Tabela 4 w Dodatek dodatkowy). Trzy z tych mutacji poziomu 2 miały warianty częstotliwości około 98%, a wszystkie były zlokalizowane na chromosomie X lub Y. Ponieważ w tym męskim genomie obecna była tylko jedna kopia tych chromosomów, wysoka reprezentacja tych trzech mutacji poziomu 2 była zgodna ze stwierdzeniem, że wyjątkowo wysoki odsetek komórek w próbce szpiku kostnego był częścią złośliwego klonu. Jedna mutacja (chromosom 4 w pozycji 128, 102, 994) miała wariantową częstotliwość odczytu około 78%, a w tym wariancie nie zaobserwowaliśmy mikroorgani- zacji somatycznej lub delecji. Spośród mutacji poziomu 2 39 było obecnych w około 50% gatunków DNA, a 9 było obecne w około 40%. Genotypowaliśmy 52 mutacje 2 poziomu w 187 dodatkowych próbkach AML i wykryliśmy obecność tylko mutacji (na chromosomie 10) w innej próbce AML, od pacjenta z białaczką mielomonocytową (AML-M4), który nosił translokację i nie miał sparowanej zwykłej próbki (tabela 2 w dodatkowym dodatku). Udział gatunków DNA w tej próbce, która niosła mutację, wyniósł 54%, co sugeruje, że jest heterozygotyczna.
Pacjenci z Mutacją IDH1
Tabela 3. Tabela 3. Charakterystyka pacjentów według genotypu IDH1. Spośród 16 pacjentów, którzy mieli AML z mutacją IDH1 R132, 13 miało guzy z prawidłowymi profilami cytogenetycznymi (w sumie 80 próbek cytogenetycznie prawidłowych [16%]), 2 miało trisomię 8, a miało trisomię 13. Dziesięć z 16 pacjenci mieli AML-M1, trzech miało AML z dojrzewaniem (AML-M2), a trzech miało AML-M4. Charakterystykę pacjentów zi bez mutacji IDH1 przedstawiono w Tabeli 3 oraz w Tabeli 2 i Tabeli 3 w Dodatku Uzupełniającym. Mutację wykrywano tylko u pacjentów z profilami cytogenetycznymi związanymi z pośrednim ryzykiem (P <0,001) .4,5 Chociaż pacjenci, którzy byli analizowani w tym badaniu nie byli leczeni jednolitym protokołem, dane dotyczące wyników były dostępne dla wszystkich 188 pacjentów ( Tabela 2 w Dodatku Uzupełniającym). Status mutacji IDH1 nie miał niezależnej wartości prognostycznej w odniesieniu do całkowitego przeżycia w analizie wieloczynnikowej; analiza podgrup wykazała możliwy niekorzystny wpływ na całkowity czas przeżycia u pacjentów z normalną kariotypową AML i NPM1 typu dzikiego, niezależnie od statusu FLT3 (Figura 4 w Dodatku Aneks).
Dyskusja
Nasze odkrycia potwierdzają zastosowanie bezstronnego podejścia do sekwencjonowania w celu odkrycia wcześniej nieoczekiwanych, powtarzających się mutacji w genomie raka
[hasła pokrewne: Fitolizyna, voluson, certolizumab ]
[więcej w: dawcy szpiku kostnego, dyżury aptek kwidzyn, wskaźnik tkanki trzewnej ]

Powiązane tematy z artykułem: dawcy szpiku kostnego dyżury aptek kwidzyn wskaźnik tkanki trzewnej