Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem czesc 4

Po 12 miesiącach DNA wirusa JC było wykrywalne w z 19 próbek osocza (5%) iw z 19 próbek PBMC (5%). Po 18 miesiącach DNA wirusa JC było obecne w 3 z 15 dostępnych próbek osocza (20%) iw 9 z 15 dostępnych próbek PBMC (60%) – różnica była znacząca (P = 0,02). Wszyscy osobnicy, którzy mieli pozytywne próbki osocza mieli również DNA wirusa JC w swoich PBMC w tym samym punkcie czasowym. Występowała istotna różnica w częstości występowania wirusa JC w czasie w próbkach osocza (P = 0,02) oraz w próbkach PBMC (P <0,001). Konkretnie, różnica pomiędzy wykrywaniem wirusa JC w PBMC przed leczeniem i po 18 miesiącach była znacząca (P <0,001). Read more „Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem czesc 4”

Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem cd

Do analizy komórkowej odpowiedzi immunologicznej przeciwko wirusowi JC, ocenianej za pomocą enzymatycznego testu immunologicznego, wykorzystano nieparametryczny test medianowy w celu porównania mediany poziomu odpowiedzi immunologicznej w punktach czasowych w każdej puli. Ponadto połączyliśmy wszystkie dane w czterech pulach i wykorzystaliśmy modele o losowym współczynniku do przetestowania szybkości zmiany odpowiedzi immunologicznej w czasie. Przeanalizowaliśmy zmiany na poziomie pacjenta od wartości początkowej do 12 miesięcy w celu oszacowania odsetka nabytych wirusów JC i strat w moczu. Zmiany w tych stawkach zostały przetestowane za pomocą testu McNemara. Wszystkie podane wartości P są dwustronne. Read more „Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem cd”

Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem ad

13,16 W tej ostatniej grupie, region regulatorowy wirusa JC zawiera rearanżacje sygnatur, w tym duplikacje, delecje i mutacje, które są również konsekwentnie spotykane w mózgu i płynie mózgowo-rdzeniowym pacjentów z PML, ale nie w moczu.17,18 Natalizumab wyzwala również uwalnianie niedojrzałych leukocytów ze szpiku kostnego. Postawiono hipotezę, że komórki te mogą być zakażone wirusem JC19 i, u niektórych pacjentów, mogą przenosić wirus do mózgu, prowadząc do PML.
Natalizumab nie wpływa na produkcję przeciwciał. Większość dorosłych jest seropozytywnych wobec wirusa JC i chociaż humoralna odpowiedź immunologiczna nie może zapobiec reaktywacji wirusa JC i rozwojowi PML, my i inni odkryliśmy, że komórkowa odpowiedź immunologiczna odgrywa kluczową rolę w powstrzymywaniu wirusa JC20-24 i pośredniczy w komórkach T cytotoksycznych CD8 +. Wirus BK, poliomawirus powiązany z wirusem JC, może ulec reaktywacji u pacjentów ze stwardnieniem rozsianym leczonych natalizumabem. Read more „Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem ad”

Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem

Postępująca wieloogniskowa leukoencefalopatia (PML) występuje u części pacjentów ze stwardnieniem rozsianym leczonych natalizumabem. Większość osób dorosłych zakażonych wirusem JC, czynnikiem etiologicznym w PML, nie ma objawów. Próbowaliśmy ustalić, czy ekspozycja na natalizumab powoduje subkliniczną reaktywację i transformację neurotropową wirusa JC. Metody
Obserwowaliśmy 19 kolejnych pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, którzy byli leczeni natalizumabem przez 18 miesięcy, wykonując ilościowe testy reakcji łańcuchowej polimerazy we krwi i moczu w celu reaktywacji wirusa JC; Jako kontrolę stosowano wirus BK, wirus poliomawirusowy związany z wirusem JC. Wyznaczono odpowiedzi komórek T specyficzne dla wirusa JC za pomocą testu immunospotowego związanego z enzymem i odpowiedzi przeciwciał za pomocą testu immunoenzymatycznego związanego z enzymem i przeanalizowano sekwencje regionu regulatorowego JC. Read more „Bezobjawowa reaktywacja wirusa JC u pacjentów leczonych Natalizumabem”

Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 7

Przeciwnie, mutację zgłosiło tylko 7 z 161 pacjentów z glejakami (4%, p <0,001 według dokładnego testu Fishera). Najczęstszą mutację glejaków (R132H) wykryto u 142 z 161 pacjentów (88%), ale tylko u 7 z 16 pacjentów z AML (44%, P = 0,13). Gdy mutacja R132H uległa nadmiernej ekspresji w linii komórkowej glejaka, wykryto indukcję RNA dla kilku genów docelowych indukowalnego przez hipoksję czynnika 1. (HIF1.) (GLUT1, VEGF i PGK1) .28 Jednak u 13 pacjentów z AML – 5 z R132H i 8 z R132C – nie było istotnych zmian w ekspresji któregokolwiek z tych genów (Figura 3 w Dodatku Aneks). Zakładając, że liczba mutacji punktowych w większości genomów AML jest podobna do liczby u pierwszych 2 badanych pacjentów (około 750), prawdopodobieństwo, że 2 z 188 pacjentów będzie miało identyczną mutację w tej samej pozycji w genomie jest bardzo małe (1,1 × 10-9). Read more „Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 7”

Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 6

Dzięki ulepszonym technikom sekwencjonowania, pokraliśmy ten genom bardziej kompletnie niż pierwszy zsekwencjonowaliśmy (98% vs. 91% diploidalnego pokrycia) i użyliśmy mniej sekwencji sekwencjonowania (16,5 vs. 98), co skutkowało dramatycznie zmniejszonym kosztem generowania danych. Dzięki lepszej jakości danych i algorytmom wywoływania, zredukowaliśmy 96% fałszywie dodatnich częstotliwości możliwych mutacji dla pierwszego zsekwencjonowanego genomu AML do częstotliwości 47% mutacji poziomu i 2 o wysokim poziomie ufności nazywanych w tym genomie. Przewidzieliśmy 1458 punktowych mutacji punktowych z wysoką pewnością; przetestowaliśmy 116 z nich z sekwencjonowaniem walidacyjnym i potwierdziliśmy ich 61 (53%). Read more „Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 6”

Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 5

Pozostałe dziewięć mutacji nie wykryto w 187 dodatkowych próbkach. Nie wykryliśmy mutacji R172 w IDH2 w 188 próbkach (próba od pacjenta wskaźnikowego i 187 dodatkowych próbek), ani nie zaobserwowaliśmy dodatkowych mutacji w żadnym z eksonów IDH1 lub CDC42. Niesynonimiczna nabyta mutacja (C328Y) została znaleziona w mitochondrialnym genie ND4, który koduje podjednostkę 4 dehydrogenazy NADH, część kompleksu łańcucha transportu elektronów. Dwa z 93 dodatkowych próbek AML również zawierały niesynonimowe mutacje w tym genie, ale znaczenie tych mutacji nie jest jeszcze jasne (Tabela 5 oraz sekcja Wyniki i dyskusja w dodatkowym dodatku).
Mutacje poziomu 2
Potwierdziliśmy 52 mutacje w segmentach DNA poziomu 2, z których każdy zawiera z 52 mutacji, amplifikowano PCR z guza i próbek skóry i zsekwencjonowano w celu określenia proporcji cząsteczek DNA niosących mutację (Figura 2B i Tabela 4 w Dodatek dodatkowy). Read more „Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad 5”

Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej czesc 4

Częstość alleli w DNA guza, DNA komplementarny dla nowotworu i DNA skóry. Panel A pokazuje procent wariantów alleli, które wykryto w DNA nowotworu, DNA uzupełniającym nowotwór (cDNA) i DNA skóry dla 10 zwalidowanych niesynonimowych mutacji somatycznych poziomu u pacjenta z indeksem. Dla porównania pokazano warianty częstości alleli dla sześciu znanych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP). Pacjent był homozygotyczny dla sekwencji referencyjnej dla dwóch pierwszych wariantów, heterozygotycznej dla dwóch kolejnych wariantów i homozygotycznej dla rzadkiego SNP dla dwóch ostatnich wariantów. Panel B pokazuje warianty alleli wariantów dla wszystkich zwalidowanych mutacji poziomu i poziomu 2 oraz sześciu kontrolnych SNP dla DNA nowotworu i DNA skóry. Read more „Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej czesc 4”

Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej cd

Maq oznacza mapowanie i złożenie z jakością, polimorfizm pojedynczego nukleotydu SNP i wariant pojedynczego nukleotydu SNV. Podsumowanie różnic sekwencji między genomem nowotworu pacjenta a Narodowym Centrum Informacji o Biotechnologii 36 genomu referencyjnego pokazano na Rysunku (patrz Glosariusz) .20 Zidentyfikowaliśmy 3 872 936 SNV w genomie nowotworu, z czego 3 464 449 rygorystyczny filtr wywoływania. Spośród tych SNV w genomie skóry wykryto 3 377 680 (97,5%), co wskazuje, że były to odziedziczone warianty. Spośród 86 769 potencjalnie nowych syste- mów SNV w szóstym roku, 66 513 zostało opisanych wcześniej.
Oddzieliliśmy pozostałe 20 256 SNV na cztery poziomy, które zostały szczegółowo opisane w dodatkowym dodatku. Read more „Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej cd”

Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad

Wszystkie wysokiej jakości warianty pojedynczych nukleotydów (SNV), które znaleziono w próbkach nowotworu i skóry od tego pacjenta, są dostępne w bazie danych genotypów i fenotypów (dbGaP) w Narodowym Centrum Informacji o Biotechnologii (numer dostępu, phs000159.v1. p1). Wyniki
Opis przypadku
Wcześniej zdrowy 38-letni mężczyzna o europejskim pochodzeniu miał zmęczenie i kaszel. Liczba białych krwinek wynosiła 39 800 komórek na milimetr sześcienny, przy 97% wybuchach; poziom hemoglobiny wynosił 8,9 g na decylitr, a liczba płytek krwi wynosiła 35 000 na milimetr sześcienny. Badanie szpiku kostnego wykazało 90-procentową komórkowość i 86% dodatnich blaszek mieloperoksydazy (Figura w dodatkowym dodatku). Read more „Powtarzające się mutacje wykrywane przez sekwencjonowanie genomu ostrej białaczki szpikowej ad”